嘉興市公共交通有限公司內設職能部門：

辦公室、黨群人事部、營運站場部、安全機務部、財務管理部、科技信息部。

嘉興市公共交通有限公司下設分公司：

南湖分公司、秀洲分公司、經開南分公司、經開北分公司、車輛維修分公司、九水巴士有限公司